Les missionnaires d’Afrique ( Pères Blancs) fondés par le Cardinal Lavigerie en 1868 à Alger, ont fait des tentatives de pénétration, d’installation et d’évangélisation du Burundi en passant par l’Ouest en 1879 sans succès. Les autochtones agissant sous l’impulsion des Arabes esclavagistes qui s’y étaient installés bien avant s’y opposant et chassèrent les Missionnaires d’Afrique. En 1897, les Pères Blancs réussirent à faire une pénétration et une évangélisation du Burundi en passant par l’Est du pays à Misugi  se  trouvant à une vingtaine de kilomètres de MUYAGA.

Le 18 mars 1897, il y eut l’érection de la Croix de Misugi bénie par le Provicaire Monseigneur François Gerboin le 19 mars 1897. Elle est dressée actuellement à l’entrée de  l’Eglise paroissiale de Muyaga. Les missionnaires  déménagent et s’installent définitivement à Muyaga le  23 Mai 1898. Muyaga devient dès lors  la première Mission de l’Eglise Catholique du BURUNDI et elle a été  placée sous la protection du Patronage du Sacré Cœur de Jésus.